Изменения кишечной микробиоты на фоне хронической HCV-инфекции в зависимости от генотипа вируса

Цель исследования. Охарактеризовать микробное разнообразие кишечника у пациентов с хронической гепатит С-вирусной инфекцией в зависимости от генотипа HCV.

Материалы и методы. Проведено когортное одноцентровое исследование 41 пациента с хронической HCV-инфекцией (32 человека с хроническим вирусным гепатитом С и 9 человек с циррозом печени вирусной С-этиологии), в рамках которого определен профиль кишечной микробиоты методом метагеномного секвенирования 16S рРНК. Высокопроизводительное секвенирование проводилось с помощью генетического анализатора MiSeq (Illumina, США) с использованием протокола, основанного на анализе вариабельных регионов гена 16S рРНК. Данные анализировали с использованием Kraken2. Уровень значимости принят равным 0,05.

Результаты. Охарактеризовано микробное разнообразие кишечника пациентов с хроническим гепатитом С в зависимости от генотипа HCV. На уровне типа установлены различия в численности Actinomycetota и Verrucomicrobiota. Численность Actinomycetota у пациентов с 3-м генотипом HCV была более чем в 3 раза больше, чем у пациентов с 1-м генотипом HCV. Тип Verrucomicrobiota был значимо выше у пациентов с 1-м генотипом HCV, чем с у пациентов с 3-м генотипом HCV. На уровне класса значимые различия установлены в численности Actinomycetia, Verrucomicrobiia, Bacteroidia, Mollicutes и Gammaproteobacteria. Описаны существенные изменения на уровне семейства и рода.

Заключение. Впервые описано микробное разнообразие кишечника у пациентов с хронической гепатит С-вирусной инфекцией в зависимости от генотипа HCV. Проведение дальнейших исследований поможет лучше понять патогенетические механизмы HCV-инфекции, что будет способствовать развитию персонализированных подходов в лечении пациентов с хроническим вирусным поражением печени.

1. Liu Z, Shi O, Zhang T, Jin L, Chen X. Disease burden of viral hepatitis A, B, C and E: A systematic analysis. Journal of Viral Hepatitis. 2020;27(12):1284-1296. DOI: https://doi.org/10.1111/jvh.13371

2. Fortea JI, Crespo J, Puente Á. Cirrhosis, a Global and Challenging Disease. J Clin Med. 2022;11(21):6512. DOI: https://doi.org/10.3390/jcm11216512

3. Стома И.О. Микробиом в медицине: руководство для врачей. Москва; 2024. 320 с. [дата обращения 2025 апрель 11]. Режим доступа: https://www.rosmedlib.ru/book/ISBN9785970486764.html?SSr=07E903064283A

4. Lee NY, Suk KT. The Role of the Gut Microbiome in Liver Cirrhosis Treatment. Int J Mol Sci. 2020;22(1):199. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms22010199

5. Acharya C, Bajaj JS. Chronic Liver Diseases and the Microbiome-Translating Our Knowledge of Gut Microbiota to Management of Chronic Liver Disease. Gastroenterology. 2021;160(2):556-572. DOI: https://doi.org/10.1053/j.gastro.2020.10.056

6. Sehgal R, Bedi O, Trehanpati N. Role of Microbiota in Pathogenesis and Management of Viral Hepatitis. Front Cell Infect Microbiol. 2020;10:341. DOI: https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.00341

7. Цейко З.А., Терешков Д.В., Козорез Е.И., Стома И.О. Хроническая HCV-инфекция: клинико-лабораторная характеристика на современном этапе. Клиническая инфектология и паразитология. 2025;14(1):115-124. DOI: https://doi.org/10.34883/PI.2025.14.1.048

8. Hsu CL, Schnabl B. The gut-liver axis and gut microbiota in health and liver disease. Nat Rev Microbiol. 2023;21(11):719-733. DOI: https://doi.org/10.1038/s41579-023-00904-3

9. El-Mowafy M, Elgaml A, El-Mesery M, Sultan S, Ahmed TAE, Gomaa AI, Aly M, Mottawea W. Changes of Gut-Microbiota-Liver Axis in Hepatitis C Virus. Infection. Biology (Basel). 2021;10(1):55. DOI: https://doi.org/10.3390/biology10010055

10. Dempsey E, Corr SC. Lactobacillus spp. for Gastrointestinal Health: Current and Future Perspectives. Front Immunol. 2022;13:840245. DOI: https://doi.org/10.3389/fphar.2022.1042189

11. Pinzone MR, Celesia BM, Di Rosa M, Cacopardo B, Nunnari G. Microbial translocation in chronic liver diseases. Int J Microbiol. 2012;2012:694629. DOI: https://doi.org/10.1155/2012/694629

12. Zhang N, Zhu W, Zhang S, Liu T, Gong L, Wang Z, et al. Novel Bifidobacterium/Klebsiella Ratio in Characterization Analysis of the Gut and Bile Microbiota of CCA Patients. Microb Ecol. 2023;87(1):5. DOI: https://doi.org/10.1155/2012/694629

13. Walterson AM, Stavrinides J. Pantoea: insights into a highly versatile and diverse genus within the Enterobacteriaceae. FEMS Microbiol Rev. 2015;39(6):968-984. DOI: https://doi.org/10.1093/femsre/fuv027

14. Yang J, Ma Y, Tan Q, Zhou B, Yu D, Jin M, et al. Gut Streptococcus is a microbial marker for the occurrence and liver metastasis of pancreatic cancer. Front Microbiol. 2023;14:1184869. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1184869

15. Yang Y, Song X, Wang G, Xia Y, Xiong Z, Ai L. Understanding Ligilactobacillus salivarius from Probiotic Properties to Omics Technology. A Review. Foods. 2024;13(6):895. DOI: https://doi.org/10.3390/foods13060895

16. Wu C, Yang F, Zhong H, Hong J, Lin H, Zong M, et al. Obesity-enriched gut microbe degrades myo-inositol and promotes lipid absorption. Cell Host Microbe. 2024;32(8):1301-1314.e9. DOI: https://doi.org/10.1016/j.chom.2024.06.012

17. West SR, Suddaby AB, Lewin GR, Ibberson CB. Rothia. Trends Microbiol. 2024;32(7):720-721. DOI: https://doi.org/10.1016/j.tim.2024.03.009

18. Teixeira CG, Fusieger A, Milião GL, Martins E, Drider D, Nero LA, de Carvalho AF. Weissella: An Emerging Bacterium with Promising Health Benefits. Probiotics Antimicrob Proteins. 2021;13(4):915-925. DOI: https://doi.org/10.1007/s12602-021-09751-1

19. Wexler HM. Bacteroides: the good, the bad, and the nitty-gritty. Clin Microbiol Rev. 2007;20(4):593-621. DOI: https://doi.org/10.1128/CMR.00008-07

20. Magdy Wasfy R, Abdoulaye A, Borentain P, Mbaye B, Tidjani Alou M, et al. Thomasclavelia ramosa and Alcohol-Related Hepatocellular Carcinoma. A Microbial Culturomics Study. 2025; Preprint (Version 1) available at Research Square DOI: https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-5053117/v1

21. Parker BJ, Wearsch PA, Veloo ACM, Rodriguez-Palacios A. The Genus Alistipes: Gut Bacteria with Emerging Implications to Inflammation, Cancer, and Mental Health. Front Immunol. 2020;11:906. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00906

22. Zhuang J, Zhuang Z, Chen B, Yang Y, Chen H, Guan G. Odoribacter splanchnicus-derived extracellular vesicles alleviate inflammatory bowel disease by modulating gastrointestinal inflammation and intestinal barrier function via the NLRP3 inflammasome suppression. Mol Med. 2025;31(1):56. DOI: https://doi.org/10.1186/s10020-025-01063-2

23. Beresford-Jones BS, Suyama S, Clare S, Soderholm A, Xia W, Sardar P, et al. Enterocloster clostridioformis protects against Salmonella pathogenesis and modulates epithelial and mucosal immune function. Microbiome. 2025;13(1):61. DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-025-02050-9