zdorПроблемы здоровья и экологииHealth and Ecology Issues2220-09672708-6011Gomel State Medical University10.51523/2708-6011.2025-22-2-18zdor-2869Research ArticleНОВЫЕ ТЕХНОЛОГИИNEW TECHNOLOGIESИзменения кишечной микробиоты на фоне хронической HCV-инфекции в зависимости от генотипа вирусаChanges in the intestinal microbiota with a background of chronic HCV infection, depending on the genotype of the virushttps://orcid.org/0000-0003-0483-7329СтомаИ. О.StomaI. O.

Стома Игорь Олегович - д.м.н., профессор, ректор.

Гомель

Igor O. Stoma - Doctor of Medical Sciences, Professor, Rector of Gomel State Medical University.

Gomel

gsmu@gsmu.byhttps://orcid.org/0000-0002-0610-1422ЦейкоЗ. А.TseikoZ. A.

Цейко Зинаида Анатольевна - преподаватель-стажер кафедры микробиологии, вирусологии и иммунологии, УО «ГГМУ»; врач-интерн, У «Гомельская ОИКБ».

Гомель

Zinaida A. Tseiko - Trainee Lecture at the Department of Microbiology, Virology and Immunology, Gomel State Medical University; Internship Doctor, Gomel Regional Infectious Clinical Hospital.

Gomel

tzeiko.zinaida@yandex.byhttps://orcid.org/0000-0002-9435-6109ВоропаевЕ. В.VoropaevE. V.

Воропаев Евгений Викторович - к.м.н., доцент, проректор по научной работе.

Гомель

Evgenii V. Voropaev - Candidate of Medical Sciences, Associate Professor, Vice-Rector for Scientific Work, Gomel State Medical University.

Gomel

voropaev.evgenii@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-1931-4224ОсипкинаО. В.OsipkinaO. V.

Осипкина Ольга Викторовна - заведующий научно-исследовательской лабораторией.

Гомель

Olga V. Osipkina - Head of the Research Laboratory, Gomel State Medical University.

Gomel

olga.osipkina@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9148-487XКовалевА. А.KovalevA. A.

Ковалев Алексей Алексеевич - старший преподаватель кафедры медицинской и биологической физики.

Гомель

Alexey A. Kovalev - Senior Lecturer at the Department of Medical and Biological Physics, Gomel State Medical University.

Gomel

kovalev.data.analysis.gsmu@yandex.byhttps://orcid.org/0000-0001-9542-3791ЗятьковА. А.ZiatskovA. A.

Зятьков Алексей Александрович - старший научный сотрудник научно-исследовательской лаборатории.

Гомель

Aliaksei A. Ziatskov - Senior Researcher at the Research Laboratory, Gomel State Medical University.

Gomel

ziatskovaa@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-6725-5353ШафоростА. С.ShaforostA. S.

Шафорост Александр Сергеевич - старший научный сотрудник научно-исследовательской лаборатории.

Гомель

Alexander S. Shaforost - Senior Researcher at the Research Laboratory, Gomel State Medical University.

Gomel

asofocl@mail.ruГомельский государственный медицинский университетGomel State Medical UniversityГомельский государственный медицинский университет; Гомельская областная инфекционная клиническая больницаGomel State Medical University; Gomel Regional Infectious Clinical Hospital202529062025222147160Copyright © Стома И.О., Цейко З.А., Воропаев Е.В., Осипкина О.В., Ковалев А.А., Зятьков А.А., Шафорост А.С., 20252025Стома И.О., Цейко З.А., Воропаев Е.В., Осипкина О.В., Ковалев А.А., Зятьков А.А., Шафорост А.С.Stoma I.O., Tseiko Z.A., Voropaev E.V., Osipkina O.V., Kovalev A.A., Ziatskov A.A., Shaforost A.S.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://journal.gsmu.by/jour/article/view/2869Цель исследования

Цель исследования. Охарактеризовать микробное разнообразие кишечника у пациентов с хронической гепатит С-вирусной инфекцией в зависимости от генотипа HCV.

Материалы и методы

Материалы и методы. Проведено когортное одноцентровое исследование 41 пациента с хронической HCV-инфекцией (32 человека с хроническим вирусным гепатитом С и 9 человек с циррозом печени вирусной С-этиологии), в рамках которого определен профиль кишечной микробиоты методом метагеномного секвенирования 16S рРНК. Высокопроизводительное секвенирование проводилось с помощью генетического анализатора MiSeq (Illumina, США) с использованием протокола, основанного на анализе вариабельных регионов гена 16S рРНК. Данные анализировали с использованием Kraken2. Уровень значимости принят равным 0,05.

Результаты

Результаты. Охарактеризовано микробное разнообразие кишечника пациентов с хроническим гепатитом С в зависимости от генотипа HCV. На уровне типа установлены различия в численности Actinomycetota и Verrucomicrobiota. Численность Actinomycetota у пациентов с 3-м генотипом HCV была более чем в 3 раза больше, чем у пациентов с 1-м генотипом HCV. Тип Verrucomicrobiota был значимо выше у пациентов с 1-м генотипом HCV, чем с у пациентов с 3-м генотипом HCV. На уровне класса значимые различия установлены в численности Actinomycetia, Verrucomicrobiia, Bacteroidia, Mollicutes и Gammaproteobacteria. Описаны существенные изменения на уровне семейства и рода.

Заключение

Заключение. Впервые описано микробное разнообразие кишечника у пациентов с хронической гепатит С-вирусной инфекцией в зависимости от генотипа HCV. Проведение дальнейших исследований поможет лучше понять патогенетические механизмы HCV-инфекции, что будет способствовать развитию персонализированных подходов в лечении пациентов с хроническим вирусным поражением печени.

Objective

Objective. To characterize the intestinal microbial diversity in patients with chronic hepatitis C virus infection, depending on the HCV genotype.

Materials and methods

Materials and methods. A cohort single-center study of 41 patients with chronic HCV infection (32 people with chronic viral hepatitis C and 9 people with liver cirrhosis of viral C etiology) was conducted, within which the intestinal microbiota profile was determined by the method of metagenomic sequencing of 16S rRNA. High-throughput sequencing was performed using the MiSeq genetic analyzer (Illumina, USA) using a protocol based on the analysis of variable regions of the 16S rRNA gene. The data were analyzed using the Kraken2 algorithm. The significance level was taken to be 0.05.

Results

Results. The microbial diversity of the intestines of patients with HCV has been characterized depending on the HCV genotype. Differences in the abundance of Actinomycetota and Verrucomicrobiota have been established at the type level. A number of Actinomycetota in patients with HCV genotype 3 was more than 3 times higher than in patients with HCV genotype 1. The Verrucomicrobiota type was significantly higher in patients with HCV genotype 1 than in patients with HCV genotype 3. At the class level, significant differences were found in the abundance of Actinomycetia, Verrucomicrobiia, Bacteroidia, Mollicutes, and Gammaproteobacteria. Significant changes at the family and genus levels are described.

Conclusion

Conclusion. For the first time, microbial diversity of the intestine in patients with chronic hepatitis C virus infection has been characterized depending on the HCV genotype. Further research will help to better understand the pathogenetic mechanisms of HCV infection, which will contribute to the development of personalized approaches in the treatment of patients with chronic viral liver disease.

хронический гепатит Скишечная микробиотацирроз печенигенотип HCVмикробиомметагеномное секвенированиеchronic hepatitis Cgut microbiotaliver cirrhosisHCV genotypemicrobiomemetagenomic sequencingРеспубликанский бюджет; внебюджетные средства учреждения образования «Гомельский государственный медицинский университет».Republican budget; Extra-budgetary funds of Gomel State Medical University.ReferencesLiu Z, Shi O, Zhang T, Jin L, Chen X. Disease burden of viral hepatitis A, B, C and E: A systematic analysis. Journal of Viral Hepatitis. 2020;27(12):1284-1296. DOI: https://doi.org/10.1111/jvh.13371Liu Z, Shi O, Zhang T, Jin L, Chen X. Disease burden of viral hepatitis A, B, C and E: A systematic analysis. Journal of Viral Hepatitis. 2020;27(12):1284-1296. DOI: https://doi.org/10.1111/jvh.13371Fortea JI, Crespo J, Puente Á. Cirrhosis, a Global and Challenging Disease. J Clin Med. 2022;11(21):6512. DOI: https://doi.org/10.3390/jcm11216512Fortea JI, Crespo J, Puente Á. Cirrhosis, a Global and Challenging Disease. J Clin Med. 2022;11(21):6512. DOI: https://doi.org/10.3390/jcm11216512Стома И.О. Микробиом в медицине: руководство для врачей. Москва; 2024. 320 с. [дата обращения 2025 апрель 11]. Режим доступа: https://www.rosmedlib.ru/book/ISBN9785970486764.html?SSr=07E903064283AStoma IO. Microbiome in medicine: a guide for doctors. Moscow: GEOTAR-Media, 2024. 320 p. [date of access 2025 April 11]. Available from: https://www.rosmedlib.ru/book/ISBN9785970486764.html?SSr=07E903064283A (in Russ.).Lee NY, Suk KT. The Role of the Gut Microbiome in Liver Cirrhosis Treatment. Int J Mol Sci. 2020;22(1):199. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms22010199Lee NY, Suk KT. The Role of the Gut Microbiome in Liver Cirrhosis Treatment. Int J Mol Sci. 2020;22(1):199. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms22010199Acharya C, Bajaj JS. Chronic Liver Diseases and the Microbiome-Translating Our Knowledge of Gut Microbiota to Management of Chronic Liver Disease. Gastroenterology. 2021;160(2):556-572. DOI: https://doi.org/10.1053/j.gastro.2020.10.056Acharya C, Bajaj JS. Chronic Liver Diseases and the Microbiome-Translating Our Knowledge of Gut Microbiota to Management of Chronic Liver Disease. Gastroenterology. 2021;160(2):556-572. DOI: https://doi.org/10.1053/j.gastro.2020.10.056Sehgal R, Bedi O, Trehanpati N. Role of Microbiota in Pathogenesis and Management of Viral Hepatitis. Front Cell Infect Microbiol. 2020;10:341. DOI: https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.00341Sehgal R, Bedi O, Trehanpati N. Role of Microbiota in Pathogenesis and Management of Viral Hepatitis. Front Cell Infect Microbiol. 2020;10:341. DOI: https://doi.org/10.3389/fcimb.2020.00341Цейко З.А., Терешков Д.В., Козорез Е.И., Стома И.О. Хроническая HCV-инфекция: клинико-лабораторная характеристика на современном этапе. Клиническая инфектология и паразитология. 2025;14(1):115-124. DOI: https://doi.org/10.34883/PI.2025.14.1.048Tseiko ZA. Chronic HCV infection: clinical and laboratory characteristics at the present stage. Clinical infectology and parasitology. 2025;14(1):115-124. (In Russ.). DOI: https://doi.org/10.34883/PI.2025.14.1.048Hsu CL, Schnabl B. The gut-liver axis and gut microbiota in health and liver disease. Nat Rev Microbiol. 2023;21(11):719-733. DOI: https://doi.org/10.1038/s41579-023-00904-3Hsu CL, Schnabl B. The gut-liver axis and gut microbiota in health and liver disease. Nat Rev Microbiol. 2023;21(11):719-733. DOI: https://doi.org/10.1038/s41579-023-00904-3El-Mowafy M, Elgaml A, El-Mesery M, Sultan S, Ahmed TAE, Gomaa AI, Aly M, Mottawea W. Changes of Gut-Microbiota-Liver Axis in Hepatitis C Virus. Infection. Biology (Basel). 2021;10(1):55. DOI: https://doi.org/10.3390/biology10010055El-Mowafy M, Elgaml A, El-Mesery M, Sultan S, Ahmed TAE, Gomaa AI, Aly M, Mottawea W. Changes of Gut-Microbiota-Liver Axis in Hepatitis C Virus. Infection. Biology (Basel). 2021;10(1):55. DOI: https://doi.org/10.3390/biology10010055Dempsey E, Corr SC. Lactobacillus spp. for Gastrointestinal Health: Current and Future Perspectives. Front Immunol. 2022;13:840245. DOI: https://doi.org/10.3389/fphar.2022.1042189Dempsey E, Corr SC. Lactobacillus spp. for Gastrointestinal Health: Current and Future Perspectives. Front Immunol. 2022;13:840245. DOI: https://doi.org/10.3389/fphar.2022.1042189Pinzone MR, Celesia BM, Di Rosa M, Cacopardo B, Nunnari G. Microbial translocation in chronic liver diseases. Int J Microbiol. 2012;2012:694629. DOI: https://doi.org/10.1155/2012/694629Pinzone MR, Celesia BM, Di Rosa M, Cacopardo B, Nunnari G. Microbial translocation in chronic liver diseases. Int J Microbiol. 2012;2012:694629. DOI: https://doi.org/10.1155/2012/694629Zhang N, Zhu W, Zhang S, Liu T, Gong L, Wang Z, et al. Novel Bifidobacterium/Klebsiella Ratio in Characterization Analysis of the Gut and Bile Microbiota of CCA Patients. Microb Ecol. 2023;87(1):5. DOI: https://doi.org/10.1155/2012/694629Zhang N, Zhu W, Zhang S, Liu T, Gong L, Wang Z, et al. Novel Bifidobacterium/Klebsiella Ratio in Characterization Analysis of the Gut and Bile Microbiota of CCA Patients. Microb Ecol. 2023;87(1):5. DOI: https://doi.org/10.1155/2012/694629Walterson AM, Stavrinides J. Pantoea: insights into a highly versatile and diverse genus within the Enterobacteriaceae. FEMS Microbiol Rev. 2015;39(6):968-984. DOI: https://doi.org/10.1093/femsre/fuv027Walterson AM, Stavrinides J. Pantoea: insights into a highly versatile and diverse genus within the Enterobacteriaceae. FEMS Microbiol Rev. 2015;39(6):968-984. DOI: https://doi.org/10.1093/femsre/fuv027Yang J, Ma Y, Tan Q, Zhou B, Yu D, Jin M, et al. Gut Streptococcus is a microbial marker for the occurrence and liver metastasis of pancreatic cancer. Front Microbiol. 2023;14:1184869. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1184869Yang J, Ma Y, Tan Q, Zhou B, Yu D, Jin M, et al. Gut Streptococcus is a microbial marker for the occurrence and liver metastasis of pancreatic cancer. Front Microbiol. 2023;14:1184869. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1184869Yang Y, Song X, Wang G, Xia Y, Xiong Z, Ai L. Understanding Ligilactobacillus salivarius from Probiotic Properties to Omics Technology. A Review. Foods. 2024;13(6):895. DOI: https://doi.org/10.3390/foods13060895Yang Y, Song X, Wang G, Xia Y, Xiong Z, Ai L. Understanding Ligilactobacillus salivarius from Probiotic Properties to Omics Technology. A Review. Foods. 2024;13(6):895. DOI: https://doi.org/10.3390/foods13060895Wu C, Yang F, Zhong H, Hong J, Lin H, Zong M, et al. Obesity-enriched gut microbe degrades myo-inositol and promotes lipid absorption. Cell Host Microbe. 2024;32(8):1301-1314.e9. DOI: https://doi.org/10.1016/j.chom.2024.06.012Wu C, Yang F, Zhong H, Hong J, Lin H, Zong M, et al. Obesity-enriched gut microbe degrades myo-inositol and promotes lipid absorption. Cell Host Microbe. 2024;32(8):1301-1314.e9. DOI: https://doi.org/10.1016/j.chom.2024.06.012West SR, Suddaby AB, Lewin GR, Ibberson CB. Rothia. Trends Microbiol. 2024;32(7):720-721. DOI: https://doi.org/10.1016/j.tim.2024.03.009West SR, Suddaby AB, Lewin GR, Ibberson CB. Rothia. Trends Microbiol. 2024;32(7):720-721. DOI: https://doi.org/10.1016/j.tim.2024.03.009Teixeira CG, Fusieger A, Milião GL, Martins E, Drider D, Nero LA, de Carvalho AF. Weissella: An Emerging Bacterium with Promising Health Benefits. Probiotics Antimicrob Proteins. 2021;13(4):915-925. DOI: https://doi.org/10.1007/s12602-021-09751-1Teixeira CG, Fusieger A, Milião GL, Martins E, Drider D, Nero LA, de Carvalho AF. Weissella: An Emerging Bacterium with Promising Health Benefits. Probiotics Antimicrob Proteins. 2021;13(4):915-925. DOI: https://doi.org/10.1007/s12602-021-09751-1Wexler HM. Bacteroides: the good, the bad, and the nitty-gritty. Clin Microbiol Rev. 2007;20(4):593-621. DOI: https://doi.org/10.1128/CMR.00008-07Wexler HM. Bacteroides: the good, the bad, and the nitty-gritty. Clin Microbiol Rev. 2007;20(4):593-621. DOI: https://doi.org/10.1128/CMR.00008-07Magdy Wasfy R, Abdoulaye A, Borentain P, Mbaye B, Tidjani Alou M, et al. Thomasclavelia ramosa and Alcohol-Related Hepatocellular Carcinoma. A Microbial Culturomics Study. 2025; Preprint (Version 1) available at Research Square DOI: https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-5053117/v1Magdy Wasfy R, Abdoulaye A, Borentain P, Mbaye B, Tidjani Alou M, et al. Thomasclavelia ramosa and Alcohol-Related Hepatocellular Carcinoma. A Microbial Culturomics Study. 2025; Preprint (Version 1) available at Research Square DOI: https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-5053117/v1Parker BJ, Wearsch PA, Veloo ACM, Rodriguez-Palacios A. The Genus Alistipes: Gut Bacteria with Emerging Implications to Inflammation, Cancer, and Mental Health. Front Immunol. 2020;11:906. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00906Parker BJ, Wearsch PA, Veloo ACM, Rodriguez-Palacios A. The Genus Alistipes: Gut Bacteria with Emerging Implications to Inflammation, Cancer, and Mental Health. Front Immunol. 2020;11:906. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00906Zhuang J, Zhuang Z, Chen B, Yang Y, Chen H, Guan G. Odoribacter splanchnicus-derived extracellular vesicles alleviate inflammatory bowel disease by modulating gastrointestinal inflammation and intestinal barrier function via the NLRP3 inflammasome suppression. Mol Med. 2025;31(1):56. DOI: https://doi.org/10.1186/s10020-025-01063-2Zhuang J, Zhuang Z, Chen B, Yang Y, Chen H, Guan G. Odoribacter splanchnicus-derived extracellular vesicles alleviate inflammatory bowel disease by modulating gastrointestinal inflammation and intestinal barrier function via the NLRP3 inflammasome suppression. Mol Med. 2025;31(1):56. DOI: https://doi.org/10.1186/s10020-025-01063-2Beresford-Jones BS, Suyama S, Clare S, Soderholm A, Xia W, Sardar P, et al. Enterocloster clostridioformis protects against Salmonella pathogenesis and modulates epithelial and mucosal immune function. Microbiome. 2025;13(1):61. DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-025-02050-9Beresford-Jones BS, Suyama S, Clare S, Soderholm A, Xia W, Sardar P, et al. Enterocloster clostridioformis protects against Salmonella pathogenesis and modulates epithelial and mucosal immune function. Microbiome. 2025;13(1):61. DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-025-02050-9

The authors declare that there are no conflicts of interest present.